A idea de substancia
As ideas de calidades preséntanse á nosa mente formando grupos nos que adoitan aparecer calidades primarias e secundarias asociadas á mesma experiencia, con pequenas variacións, segundo os momentos, lugares e circunstancias nas que tales experiencias se produzan. Como non podemos concibir o modo no que tales ideas poidan subsistir por si mesmas, supoñemos a existencia de algo, dun substrato que lles sirva de soporte, ao que chamamos "substancia".
...ao non imaxinarnos de que maneira poidan subsistir por si mesmas esas ideas simples, afacémonos a supoñer algún substratum onde subsistan e de onde resultan; ao cal, polo tanto, chamamos substancia" (Ensaio, II, 23)
Iso non quere dicir, sen embargo, que Locke considere que a idea xeral de substancia é un simple produto da imaxinación e non teña existencia real. A idea xeral de substancia é o resultado dunha inferencia, realizada a partir da existencia de calidades que "precisan" un soporte no que existir, soporte que permanece descoñecido para nós, pero cuxa existencia e realidade queda suficientemente probada, segundo Locke, con dita inferencia, aínda que tal idea de "substancia" non sexa nin clara nin distinta.
Xunto á idea xeral de substancia atopamos as ideas de substancias particulares, que resultan da combinación de ideas simples, mediante as que nos referimos ás cousas particulares “como sendo substancias”. Así, por exemplo, a combinación de ideas simples (forma, tamaño, cor, etc.) que achamos na experiencia designámola con nome ("árbore", "mesa", "cousa"...) co que nos referimos a tal combinación como a unha "substancia".
Xa que as ideas simples proceden da experiencia (de sensación ou de reflexión) a idea de substancia remite a un substrato material, polo que resultaría difícil poder falar de "substancias espirituais", a menos que engadísemos a idea de "pensante" á idea de substancia, converténdose así a substancia nunha "substancial espiritual", modo no que obtemos tamén á idea de Deus, "a partir de ideas simples que obtemos por reflexión" (Ensaio, 2, 23).
... a sensación convéncenos de que hai unhas substancias sólidas extensas, e a reflexión de que hai unhas substancias pensantes. A experiencia asegúranos da existencia de tales seres, e de que o un ten a potencia de mover ao corpo por impulso, e o outro, por pensamento" (Ensaio, II, 23)
As ideas de relacións
Ademais das ideas de modos e de substancias, temos ideas de relacións, que resultan de referir unha cousa a outra, ou de comparar dúas cousas entre si, ben dándolle un nome a unha das cousas, ou a ámbalas dúas, (distinto ao que ten fóra desa comparación), ou á idea mesma da comparación estabelecida entre elas. A relación, sen embargo, non forma parte da existencia "real" das cousas, senón que é algo sobreinducido, aínda que non poida ser contraria á natureza das cousas entre as que se dá esa relación, do que parece seguirse que as ideas de relacións son puramente mentais.
Entre estas ideas están as ideas de causalidade e identidade. Respecto á idea de causalidade, Locke entende por causa aquilo que produce unha idea (simple ou complexa) e por efecto, o producido. ("Aquilo que produce calquera idea simple ou complexa denotámolo polo nome xeral de causa; e aquilo que é producido polo nome de efecto", Ensaio, II, 26). Tanto a noción de causa como a de efecto proceden da experiencia, é dicir, de ideas recibidas por sensación ou por reflexión; aínda que a idea de causalidade, ao ser unha relación, un produto da mente, ten, non obstante, un fundamento real na capacidade que teñen as substancias de afectar a outras, producindo ideas na nosa mente. A mellor proba de tal capacidade non a atopa Locke, sen embargo, na experiencia externa, senón na interna, onde podemos experimentar a capacidade de nosa volición para comezar, reprimir, continuar ou finalizar actos da nosa mente e/ou do noso corpo.
Non queda claro na explicación de Locke, sen embargo, como a mente é capaz de captar a conexión necesaria entre a causa e o efecto, a non ser mediante o recurso a unha certeza da intuición, máis próxima ao racionalismo cartesiano que aos postulados empiristas da súa propia filosofía, cos que resulta dificilmente conciliábel tal explicación. Non obstante, está convencido da necesidade dese nexo entre a causa e o efecto manténdose, neste punto, de acordo cun dos postulados básicos da metafísica tradicional.
No que fai á idea de identidade, remite á existencia de algo no mesmo espazo e tempo, existencia que debe ser continuada no caso dos seres orgánicos, como o ser humano, nos que distintas células nacen e morren constantemente, podendo entón falar do "mesmo" ser cando se produce unha continuidade corporal, polo que a idea de identidade procede totalmente da experiencia. Que ocorre entón cos seres orgánicos pensantes? A identidade persoal queda entón identificada coa identidade da conciencia, ("...no ter conciencia reside a identidade persoal", Ensaio, II, 27), que é inseparábel do pensamento. Se en dous momentos distintos tivésemos dúas conciencias distintas e inconmensurábeis entre si, teriamos que falar de dúas identidades, como ocorre cando unha persoa corda perde a razón, e como proba a experiencia, xa que non atribuímos as accións do cordo ao tolo e viceversa, senón que as consideramos realizadas por dúas persoas distintas.