La idea de sustancia
Las ideas de cualidades se presentan a nuestra mente formando grupos en los que suelen aparecer cualidades primarias y secundarias asociadas a la misma experiencia, con pequeñas variaciones, según los momentos, lugares y circunstancias en que tales experiencias se produzcan. Cómo no podemos concebir el modo en que tales ideas puedan subsistir por sí mismas, suponemos existencia de algo, de un sustrato que les sirva de soporte, al que llamamos "sustancia".
...al no imaginarnos de qué manera puedan subsistir por sí mismas esas ideas simples, nos acostumbramos a suponer algún substratum donde subsistan y de donde resultan; el cual, por lo tanto, llamamos substancia.
(Ensayo, II, 23)
Ello no quiere decir, sin embargo, que Locke considere que la idea general de sustancia es un simple producto de la imaginación y no tenga existencia real. La idea general de sustancia es el resultado de una inferencia, realizada a partir de la existencia de cualidades que "necesitan" un soporte en el que existir, soporte que permanece desconocido para nosotros, pero cuya existencia y realidad queda suficientemente probada, según Locke, con dicha inferencia, aunque tal idea de "sustancia" no sea ni clara ni distinta.
Junto a la idea general de sustancia encontramos las ideas de sustancias particulares, que resultan de la combinación de ideas simples, mediante las que nos referimos a las cosas particulares como siendo sustancias. Así, por ejemplo, la combinación de ideas simples (forma, tamaño, color, etc) que hallamos en la experiencia la designamos con nombre ("árbol", "mesa", "cosa"...) con el que nos referimos a tal combinación como a una "sustancia".
Dado que las ideas simples proceden de la experiencia (de sensación o de reflexión) la idea de sustancia remite a un sustrato material, por lo que resultaría difícil poder hablar de "sustancias espirituales", a menos que añadiésemos la idea de "pensante" a la idea de sustancia, convirtiéndose así la sustancia en una "sustancial espiritual", modo en el que obtenemos también a la idea de Dios, "a partir de ideas simples que obtenemos por reflexión" (Ensayo, 2, 23).
La sensación nos convence de que hay unas substancias sólidas extensas, y la reflexión de que hay unas substancias pensantes. La experiencia nos asegura de la existencia de tales seres, y de que el uno tiene la potencia de mover al cuerpo por impulso, y el otro, por pensamiento.
(Ensayo, II, 23)
Las ideas de relaciones
Además de las ideas de modos y de sustancias, tenemos ideas de relaciones, que resultan de referir una cosa a otra, o de comparar dos cosas entre sí, bien dándole un nombre a una de las cosas, o a ambas, (distinto al que tiene fuera de dicha comparación), o a la idea misma de la comparación establecida entre ellas. La relación, no obstante, no forma parte del existencia "real" de las cosas, sino que es algo sobreinducido, aunque no pueda ser contraria a la naturaleza de las cosas entre las que se da dicha relación, de lo que parece seguirse que las ideas de relaciones son puramente mentales.
Entre estas ideas están las ideas de causalidad e identidad. Respecto a la idea de causalidad, Locke entiende por causa aquello que produce una idea (simple o compleja) y por efecto, lo producido. ("Aquello que produce cualquier idea simple o compleja lo denotamos por el nombre general de causa; y aquello que es producido por el nombre de efecto", Ensayo, II, 26). Tanto la noción de causa como la de efecto proceden de la experiencia, es decir, de ideas recibidas por sensación o por reflexión; aunque la idea de causalidad, al ser una relación, es un producto de la mente, tienen, no obstante, un fundamento real en la capacidad que tienen la sustancias de afectar a otras, produciendo ideas en nuestra mente. La mejor prueba de tal capacidad no la encuentra Locke, sin embargo, en la experiencia externa, sino en la interna, donde podemos experimentar la capacidad de nuestra volición para comenzar, reprimir, continuar o finalizar actos de nuestra mente y/o de nuestro cuerpo.
No queda claro en la explicación de Locke, sin embargo, cómo la mente es capaz de captar la conexión necesaria entre la causa y el efecto, a no ser mediante el recurso a una certeza de la intuición, más cercana al racionalismo cartesiano que a los postulados empiristas de su propia filosofía, con los que resulta difícilmente conciliable tal explicación. No obstante, está convencido de la necesidad de ese nexo entre la causa y el efecto manteniéndose, en este punto, de acuerdo con uno de los postulados básicos de la metafísica tradicional.
En cuanto a la idea de identidad, remite a la existencia de algo en el mismo espacio y tiempo, existencia que debe ser continuada en el caso de los seres orgánicos, como el ser humano, en los que distintas células nacen y mueren constantemente, pudiendo entonces hablar del "mismo" ser cuando se produce una continuidad corporal, por lo que la idea de identidad procede totalmente de la experiencia. ¿Qué ocurre entonces con los seres orgánicos pensantes? La identidad personal queda entonces identificada con la identidad de la conciencia, ("...en el tener conciencia reside la identidad personal", Ensayo, II, 27), que es inseparable del pensamiento. Si en dos momentos distintos tuviésemos dos conciencias distintas e inconmensurables entre sí, tendríamos que hablar de dos identidades, como ocurre cuando una persona cuerda pierde la razón, y como prueba la experiencia, ya que no atribuimos las acciones del cuerdo al loco y viceversa, sino que las consideramos realizadas por dos personas distintas.