También la teoría moral de santo Tomás está fundamentalmente basada en la ética aristotélica, a pesar de que algunos comentadores insisten en la dependencia agustiniana de la moral tomista. Parece obvio que, en la medida en que San Agustín es el inspirador de buena parte de la filosofía medieval ejerza cierta influencia, como se puede observar en la metafísica y la teología, en el pensamiento de santo Tomás; pero no hasta el punto de difuminar el eudemonismo aristotélico claramente presente en , e inspirador de, la ética tomista.
La Ética
Siguiendo, pues, sus raíces aristotélicas Sto. Tomás está de acuerdo con Aristóteles en la concepción teleológica de la naturaleza y de la conducta del hombre: toda acción tiende hacia un fin, y el fin es el bien de una acción. Hay un fin último hacia el que tienden todas las acciones humanas, y ese fin es lo que Aristóteles llama la felicidad. Santo Tomás está de acuerdo en que la felicidad no puede consistir en la posesión de bienes materiales, pero a diferencia de Aristóteles, que identificaba la felicidad con la posesión del conocimiento de los objetos más elevados (con la teoría o contemplación), con la vida del filósofo, en definitiva , santo Tomás, en su continuo intento por la acercar aristotelismo y cristianismo, identifica la felicidad con la contemplación beatífica de Dios, con la vida del santo, de acuerdo con su concepción trascendente del ser humano.
En efecto, la vida del hombre no se agota en esta tierra, por lo que la felicidad no puede ser algo que se consiga exclusivamente en el mundo terrenal; dado que el alma del hombre es inmortal el fin último de las acciones del hombre trasciende la vida terrestre y se dirige hacia la contemplación de la primera causa y principio del ser: Dios. Santo Tomás añadirá que esta contemplación no la puede alcanzar el hombre por sus propias fuerzas, dada la desproporción entre su naturaleza y la naturaleza divina, por lo que requiere, de alguna manera la ayuda de Dios, la gracia, en forma de iluminación especial que le permitirá al alma adquirir la necesaria capacidad para alcanzar la visión de Dios.
La felicidad que el hombre puede alcanzar sobre la tierra, pues, es una felicidad incompleta para Sto. Tomás, que encuentra en el hombre el deseo mismo de contemplar a Dios, no simplemente como causa primera, sino tal como es Él en su esencia. No obstante, dado que es el hombre particular y concreto el que siente ese deseo, hemos de encontrar en él los elementos que hagan posible la consecución de ese fin. Santo Tomás distingue, al igual que Aristóteles, dos clases de virtudes: las morales y las intelectuales. Por virtud entiende también un hábito selectivo de la razón que se forma mediante la repetición de actos buenos y, al igual que para Aristóteles, la virtud consiste en en un término medio, de conformidad con la razón. A la razón le corresponde dirigir al hombre hacia su fin, y el fin del hombre ha de estar acorde con su naturaleza por lo que, al igual que ocurría con Aristóteles, la actividad propiamente moral recae sobre la deliberación, es decir, sobre el acto de la elección de la conducta.
La misma razón que tiene que deliberar y elegir la conducta del hombre es ella, a su vez, parte de la naturaleza del hombre, por lo que ha de contener de alguna manera las orientaciones necesarias para que el hombre pueda elegir adecuadamente. Al reconocer el bien como el fin de la conducta del hombre la razón descubre su primer principio: se ha de hacer el bien y evitar el mal ("Bonum est faciendum et malum vitandum"). Este principio (sindéresis) tiene, en el ámbito de la razón práctica, el mismo valor que los primeros principios del conocimiento (identidad, no contradicción ) en el ámbito de la teórica. Al estar fundado en la misma naturaleza humana es la base de la ley moral natural, es decir, el fundamento último de toda conducta y, en la medida en que el hombre es un producto de la creación, esa ley moral natural está basada en la ley eterna divina. De la ley natural emanan las leyes humanas positivas, que sean aceptadas si no contradicen la ley natural y rechazadas o consideradas injustas si la contradicen. Pese a sus raíces aristotélicas vemos, pues, que Sto. Tomás ha conducido la moral al terreno teológico, al encontrar en la ley natural un fundamento trascendente en la ley eterna.
La política
Respecto a la política santo Tomás se desmarca de la actitud adoptada por San Agustín al considerar la existencia de dos ciudades, la de Dios (Jerusalén) y la terrestre (Babilonia), identificadas, respectivamente, con la Iglesia y con el Estado pagano. La ciudad de Babilonia es considerada por San Agustín como el resultado de la corrupción del hombre por el pecado original; mientras que la ciudad de Jerusalén, la ciudad celestial representaría la comunidad cristiana que viviría de acuerdo con los principios de la Biblia y los evangelios. Las circunstancias sociales y la evolución de las formas de poder en el siglo XIII, especialmente los problemas derivados de la relación entre la Iglesia y el Estado, llevarán a Sto. Tomás a un planteamiento distinto, inspirado también en la Política aristotélica, aunque teniendo en cuenta las necesarias adaptaciones al cristianismo.
Para Sto. Tomás la sociedad, siguiendo a Platón y a Aristóteles, es el estado natural de la vida del hombre. En cuanto tal, el hombre es por naturaleza un ser social nacido para vivir en comunidad con otros hombres; pero ya sabemos que Sto. Tomás asigna al hombre un fin trascendente, por lo que ha de reconocer un papel importante a la Iglesia en la organización de la vida del hombre. Del mismo modo que había distinguido entre la razón y la fe y, aun manteniendo su autonomía, concedía la primacía a la fe sobre la razón, por lo que respecta a la sociedad, aun aceptando la distinción y la independencia del Estado y la Iglesia, aquél ha de someterse a ésta, en virtud de ese fin trascendente del hombre. El Estado ha de procurar el bien común, para lo cual legislará de acuerdo con la ley natural. Las leyes contrarias a la ley natural no obligan en conciencia (por ejemplo, las contrarias al bien común, o las dictadas por egoísmo). Las leyes contrarias a la ley divina deben rechazarse y no es lícito obedecer las, marcándose claramente la dependencia de la legislación civil respecto a la legislación religiosa.
Respecto a las mejores formas de gobierno, santo Tomás sigue a Aristóteles, distinguiendo tres formas buenas y tres formas malas de gobierno que son la degeneración de las anteriores. Aunque la monarquía parece proporcionar un mayor grado de unidad y de paz, Sto. Tomás tampoco descarta las otras formas de gobierno válidas, y no considera que ninguna de ellas sea especialmente deseable por Dios.